Los prolegómenos de la fundación de este Convento, en los que aparece como principal promotora Doña María Ignacia Hurtado de Mendoza, de la casa solar de Jausoro, se caracterizaron por la abundancia de obstáculos que hubo que vencer ante la oposición de las autoridades eclesiásticas y civiles, que juzgaban una temeridad llevar adelante este proyecto, a causa de las pocas garantías que ofrecían las escasas disponibilidades económicas, no sólo para la construcción del edificio, sino también para su futura pervivencia.
Tras múltiples gestiones, en terrenos cedidos por los familiares del Conde de Peñaflorida, ubicados junto a la ermita de Santa Cruz, y gracias al apoyo económico de muchas personas, como los propios Condes de Peñaflorida, la familia Idiáquez, el Marqués de San Millán, etc... así como con la aportación del propio patrimonio personal de Doña María Ignacia, se iniciaron las obras que quedarían culminadas por el año 1690.
En una primera fase, el Convento se reducía a un solo cuerpo, añadiéndosele posteriormente el segundo brazo.
El Obispo de Pamplona concedió la autorización para la fundación del Convento de 19 de Marzo de 1691.
El 27 de Marzo del mismo año, llegaron a Loyola cuatro fundadoras procedentes del Convento de Lasarte, alojándose los dos días siguientes en el Palacio de Floreaga.
El día 30 de Marzo de 1691, y tras solemne ceremonia, tomaron posesión del nuevo Convento de Santa Cruz.
En su patio, se conserva una placa conmemorativa que atestigua la celebración de Juntas Generales de Gipuzkoa en dicho lugar hasta el siglo XVIII.
El convento es de planta rectangular y cuatro alturas, con muros exteriores de mampostería y esquinales y recercos de vanos en sillería.
A través de un pórtico con tres arcos de medio punto se accede a la iglesia, que es de planta de cruz latina, ábside curvo y coro a los pies. El crucero se cubre con una gran bóveda combada que apoya en arcos de medio punto sostenidos por columnas adosadas a los muros, con capiteles barrocos.
Destaca su agradable aspecto interior por la belleza de sus proporciones y la esmerada ornamentación y acabado de sus paramentos verticales, bóvedas, pavimentos, etc...
OBRAS SUBVENCIONADAS
Renovación de la cubierta de la iglesia y acondicionamiento interior. Arreglo de la cubierta de la casa del párroco. Construcción de drenaje en el muro exterior.
IMPORTE DE LA SUBVENCIÓN
Plan 1986: 3.600.000 ptas.
Plan 1990: 6.000.000 ptas.
Plan 1994: 1.000.000 ptas.
Plan 2008: 16.000 €
Plan 2011: 8.963,49 €