Santuaren sortetxea zen Amunabarro baserrian haren ilobak utzitako terrenoetan eraiki zen Loinazko San Martinen eliza XVII. mendean.
Lehenengo karlistadan hondamen haundiak jasan zituen eta berregiten oso zaila geratu zenez Gipuzkoako Batzar Nagusiak, 1847an Oñatin egindako bilkuran, eliza botatzea eta haren lekuan berria eraikitzea erabaki zuen.
XIX. mendearen erdi aldean eraiki zuten, estilo neoklasikoan eta gurutze grekoko oinplanoari jarraituta. 1857an ostatua erantsi zioten.
Joandako hamarkadan parrokia bihurtu zenean, eliza haunditzeko gurutzeko beso bat luzatu zuten.
Eraikin hau kultur ondasun kalifikatu izendatuta dago, Eusko Jaurlaritzaren 2000ko urtarrilaren 25eko 14/2000 Dekretuaren bidez.
SUBENTZIONATUTAKO OBRAK
Estaldurak konpontzea. Hezetasun arazoak zuzendu.
SUBENTZIOAREN ZENBATEKOA
1992ko Plana: 5.500.000 pta.
2008ko Plana: 14.000 €