La escritura de cesión de los terrenos donde actualmente se levanta la iglesia, y que por aquel entonces aparecían inundados, se firmó el 25 de Agosto de 1887.
El 10 de Diciembre del mismo año se aprobaron las bases para un concurso de proyectos. Entre los cuatro que se presentaron fue seleccionado el del entonces arquitecto provincial, Manuel Echave, yerno de Antonio Cortazar, arquitecto autor del Plan del Ensanche de Donostia.
El acto oficial de colocación de la primera piedra, en el que estuvo presente la familia real española, tuvo lugar el 29 de Septiembre de 1888.
Iniciada la cimentación en Abril de 1889, se decidió introducir una serie de modificaciones en el proyecto.
Las obras fueron adjudicadas por concurso-subasta a Benito Olasagasti, que estaba a punto de concluir la iglesia del Antiguo. A su fallecimiento, acaecido en 1896, sus hermanos se comprometieron a dar fin a las mismas.
Aun cuando la torre estaba aún sin terminar, el 30 de julio de 1897 se procedió a su inauguración, con asistencia también de la familia real española.
La torre quedó finalmente rematada en 1899, bajo la dirección del arquitecto Ramón Cortazar.
El arquitecto Churruca realizó en 1909 el conjunto de la ampliación de la parte posterior y en 1929 el pabellón situado tras el ábside.
La decoración de capiteles, adornos, agujas, etc... había sido realizada por Julio Gargallo, que se encargó también de las tallas de los altares laterales.
Para la obra de cantería se utilizó piedra arenisca de las canteras de Igeldo, para las bóvedas, toba procedente de Ocio (Burgos) y para las cubiertas del templo, pizarra de Angers (Francia)
Se trata de uno de los ejemplares más interesantes del estilo neogótico.
Una primera zona, a partir del acceso principal tiene tres naves, que se amplían a cinco en la zona más próxima al presbiterio, siendo la nave central más ancha y alta que las laterales.
Las bóvedas, de crucería, descargan en columnas de fuste cilíndrico.
Los muros son de sillería de piedra arenisca con contrafuertes exteriores.
La altísima torre se sitúa sobre el atrio que da paso al acceso principal. Ocupa una posición centrada y su verticalidad queda reforzada al contar el edificio con un zócalo cuyo desnivel se salva por medio de una escalinata.
Tampoco faltan los arbotantes, pináculos, ventanales ojivales y demás elementos característicos del gótico.
En el interior destaca el órgano, uno de los más grandes de Europa, pues consta de cinco teclados manuales, uno de pedal y 125 juegos sonoros. Aunque no tenga una gran antigüedad, se ha convirtiéndose en uno de los órganos más representativos de la estética neoclásica. Fue construido por la empresa OESA de Azpeitia en 1953.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Consolidación, reparación, sustitución o restauración de piezas o elementos pétreos de la torre y pináculos, rehabilitación de cubiertas y restauración del órgano.
IMPORTE DE LA SUBVENCIÓN
Plan 1983: 2.000.000 ptas.
Plan 1986: 10.000.000 ptas.
Plan 1989: 10.600.000 ptas.
Plan 1991: 4.000.000 ptas.
Plan 2001: 10.000.000 ptas.
Plan 2002: 50.000 €
Plan 2003: 100.000 €