Baliarrain aparece como colación o parroquia cuando en el año 1374 solicita su anexión a la de Tolosa. Para esas fechas sabemos que disponía de iglesia ya que se la cita en el Libro de Rentas del Obispado de Pamplona en el año 1350.
A falta de otros datos documentales y de un estudio más profundo de sus elementos arquitectónicos, la iglesia actual se presenta a nuestros ojos un tanto enigmática.
En un primer intento de descifrar el proceso constructivo de este templo, diremos que su parte más antigua es la correspondiente a las dos capillas laterales. Concretamente, la situada en el lado del evangelio, con su arco apuntado, sus ménsulas talladas con figuras de animales que parecen corresponder a los símbolos de los cuatro Evangelistas y sus capiteles con figuras esculpidas de angelotes y motivos vegetales, nos sitúan como mínimo en el siglo XIV.
La capilla del otro lado es de características similares en cuanto a su configuración, pero carece de motivos ornamentales.
La capilla mayor, con las claves de su bóveda de crucería talladas con extraños anagramas, pudo sufrir transformaciones en el siglo XVI.
De comienzos del citado siglo podrían ser los ventanales geminados con parteluz en arco trilobulado o conopial, así como las múltiples saeteras abiertas en los muros laterales, vanos hoy cegados, que parecen corresponder más a una casa-torre o a un palacio, que a un edificio religioso.
Los tres primeros tramos de la nave, el coro y la torre son consecuencia de importantes obras de construcción efectuadas en los siglos XVII y XVIII y de reformas introducidas en épocas más recientes.
En la edificación que está adosada a la iglesia, a los pies de la misma, impartió sus clases de Latín el párroco D. Luis Antonio Sarasola, contando entre sus alumnos a D. José Miguel de Barandiarán y D. Manuel de Lecuona. El reloj de sol que adorna su fachada, lleva marcada la fecha de su implantación: año 1781.
El templo es de planta rectangular dividida en tres naves, de las que la central, más ancha y alta que las laterales, se prolonga en un ábside recto. Las naves laterales, terminan en la zona más próxima al presbiterio, en sendas capillas de planta cuadrangular delimitadas por arcos de características diversas.
Los cuatro tramos de la nave central, así como el presbiterio, se hallan cubiertos por bóvedas de crucería, más modernas las de los tres primeros tramos y góticas las del cuarto tramo y el presbiterio.
Las bóvedas de las naves laterales son de medio cañón con lunetos.
Los cierres exteriores son de mampostería con restos de contrafuertes en la cabecera del templo.
Llama la atención la ausencia del pórtico, caso insólito en las iglesias guipuzcoanas.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Renovación total de la cubierta, refuerzo de arcos y bóvedas, saneamiento y deshumidificación de la solera de la nave y reparaciones en el pavimento.
IMPORTE DE LA SUBVENCIÓN
Plan 1984: 600.000 ptas.
Plan 2002: 6.150 €
Plan 2003: 6.000 €