Aunque no contamos con documentos que lo atestigüen, la ubicación de esta ermita a las afueras del pueblo, junto a la carretera cuyo trazado concuerda con el de la antigua calzada que desde Pamplona se dirigía al valle del Oria, y su advocación, ligada a la actividad hospitalaria, permiten atribuir a su origen una cierta antigüedad.
Según Murugarren, la ermita se levantó y así se conserva, "en el lugar apropiado para acoger a los caminantes que, enfermos del mal de San Lázaro o lepra, eran así atendidos antes de que entraran en la villa, a un lado del río y un poco antes de que el peregrino o andariego se comunicara con las gentes del pueblo".
Esta antigüedad y popularidad de su dedicación primitiva como lazareto daría lugar a la creencia o tradición, como ocurre en otros varios casos, de que este pequeño templo fue la primera parroquia no solo de Lizartza, sino incluso de Orexa y Gaztelu.
Murugarren cree que "el hospital" que Martín de Elcano visitó en 1586 como comisionado por el Papa y el Rey, en términos de la villa de Lizartza no fue otro que el que estaba amparado bajo esta denominación de la Magdalena y del que dejó escrito: "Fue fundado por Domingo de Ibarrondo, rector que fue de la dicha Lizarza. Es una buena casa y tien... dos tierras sembradías y su huerta y seis ducados de renta".
En la ermita se conserva una imagen de su titular, que es una talla del siglo XVI y que según D. Manuel de Lecuona pudiera ser atribuible a Jerónimo de Larrea.
Pequeño templo de planta rectangular y cubierta a dos aguas, rematada por un sencillo campanil.
La fachada principal consta de dos cuerpos, en los que el superior, ligeramente volado, aparece enmarcado por dos espolones. Todos los huecos parecen de factura relativamente reciente.
En el interior destaca un retablo que ocupa todo el frente del altar, con una talla en madera policromada de la Magdalena.
Hay un pequeño coro con estructura de madera.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Refuerzo de los cimientos, consolidación y saneamiento de los muros, renovación de la cubierta y de los paramentos exteriores e interiores, rehabilitación del coro y restauración del retablo.
IMPORTE DE LA SUBVENCIÓN
Plan 1985: 870.000 ptas.
Plan 1986: 1.543.000 ptas.