Este Convento se fundó en el año 1587, gracias a la generosa ayuda económica de Pedro de Mendizorrotz, natural de Ibarra y vecino de Tolosa.
Fue en 1597 cuando se firmó un convenio con el maestro cantero Pedro de Mendiola, para que éste construyera la iglesia "conforme a las trazas de perfil y planta que estaban hechas por Fray Miguel de Aramburu".
Iniciadas las obras por la capilla principal y el crucero al cabo de tres años Pedro de Mendiola abandonó las mismas, debido a que el Convento no podía pagar los 400 ducados anuales prometidos.
Desde el año 1600 es la propia Comunidad la que se encarga directamente de las obras, contratando a maestros canteros que trabajarán bajo la dirección de Fray Miguel de Aramburu y Cerayn.
Para el año 1611, "se habían acabado de subir las paredes de la capilla principal y crucero", encargándose la realización del tejado, a los carpinteros Domingo de Ancía y Miguel de Ayestarán, que lo tenían concluido para Marzo de 1612.
El retablo principal, que había sido encomendado en el año 1604 al escultor de Asteasu, Ambrosio de Bengoechea, fue terminado en 1615. Actuaron como peritos Juan de Basayaz y Bartolomé de Luzuriaga. Efectuaron un nuevo reconocimiento y tasación en 1616 Jerónimo de Larrea y Domingo de Goroa.
Las obras de la iglesia estuvieron paralizadas durante un largo período que abarca desde 1612 hasta 1650, fecha en que las reemprende el cantero Manuel de Recalde, continuándolas en 1658 Agustín de Lizarraga, que falleció en 1662 sin haber dado fin a las mismas.
La torre se construyó en el siglo XVIII.
Según los datos que nos suministras Mª Asunción Arrázola en su libro "Renacimiento en Gipuzkoa", el retablo principal de la iglesia de San Francisco de Tolosa fue diseñado y realizado entre 1604 y 1609 por el escultor Ambrosio de Bengoechea, discípulo de Anchieta, y fue montado y colocado en su lugar una vez finalizadas las obra de la iglesia en el Plan 1615.
Posiblemente Bengoechea ejecutó los dos relieves del primer cuerpo y las tallas de algunos santos, mientras que confiaría el resto a los que trabajaban en su taller.
El Convento, construido con muros de mampostería, tiene la austeridad y sobriedad de líneas de la arquitectura conventual franciscana.
La iglesia es de planta de cruz latina de una sola nave cubierta por bóveda de cañón con lunetos; el crucero está cubierto por una cúpula esférica decorada con pinturas al fresco. Sus muros exteriores son de sillería, con grandes contrafuertes, y la estructura de cubierta es de madera.
Destaca la fachada principal, muy sobria, formada por un cuerpo bajo porticado y un cuerpo superior en el que se abren tres ventanas en la vertical de los tres arcos de medio punto inferiores; la ventana central, de mayor tamaño que las otras, aparece flanqueada por dos escudos.
Este inmueble está declarado Bien Cultural Calificado por Orden de 17 de Enero de 1964.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Renovación de la cubierta de la iglesia, incluyendo reparaciones y consolidaciones estructurales de algunas zonas de las bóvedas y la revisión de la estructura del crucero. Restauración del retablo mayor.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1986: 14.000.000 ptas.
Plan 1994: 5.500.000 ptas.