Las obras de construcción de esta iglesia debieron iniciarse en la primera mitad del siglo XVI, ya que a mediados de este siglo encontramos a los maestros canteros Miguel de Elizpuru y Gregorio de Echeberría erigiendo los muros y la capilla mayor. Sin embargo, es posible que surgieran, además de las dificultades económicas usuales, problemas de carácter técnico, hoy perfectamente explicables tras conocer las características geológicas del terreno sobre el que se asienta.
Sólo así se explica que, a pesar de las sucesivas recomendaciones que la jerarquía eclesiástica vertía en sus visitas pastorales sobre la conveniencia de "continuar la obra de las paredes de la iglesia", no se inicien los trabajos hasta el año 1633, en que se concierta con Martín de Ulacia y Esolaga la ejecución de "las paredes, texados y bóvedas...", que serán ejecutados en los años siguientes por su sobrino Pedro de Ulacia.
Dichas obras fueron examinadas en 1647 por Martín de Abaria, Francisco de Çubicoeta y Joan de Aranburu, evaluándose su coste en 20.178 reales. Sin embargo, en 1650 se advierten algunas deficiencias que deberán ser corregidas. En 1692 se vuelve a declarar que "la iglesia está amenazando ruina" y se da licencia para elevar las paredes y construir la torre-campanario, obras que ejecutará a partir de 1695, Ygnacio de Sarasola siguiendo las instrucciones de Esteban de Abaria y Juan de Zabala.
Las bóvedas construidas a mediados del siglo XVII no debían de presentar un aspecto aceptable, ya que, en 1752, se obtiene licencia para "hacer las bóvedas", cuya obra acometerá Juan Baptista de Zumeta, maestro albañil. Unos años antes, en el año 1733, Pedro de Orcazaguirre había construido el arco del coro.
Aunque la documentación de que disponemos nos muestra que la iglesia de San Miguel de Altzaga disponía de retablos propios, posiblemente del siglo XVI, el que actualmente se conserva fue traído hacia el año 1740 "de la villa de Idiazabal".
Al interior destaca el retablo mayor. Su estructura consta de banco, tres pisos y ático. En la calle central se encuentran el sagrario, un ostensorio y la imagen de San Miguel titular de la parroquia. A ambos lados presenta seis bajorrelieves policromados, dos por piso. A los lados del retablo aparecen cuatro hornacinas con las imágenes de la Dolorosa y San Luis Gonzaga en un lado y San José y San Lorenzo en el otro. Este San Lorenzo es el que proviene del antiguo retablo de Jerónimo de Larrea retirado en 1546. El conjunto se corona con una representación del Padre Eterno con un globo terráqueo en las manos.
En los brazos del crucero se encuentran los otros dos altares, uno dedicado a la Virgen Santísima y el otro dedicado a la Dolorosa
OBRAS SUBVENCIONADAS
Refuerzo de la cimentación, drenaje, cosido de grietas en los muros, renovación de la cubierta, restauración de la escalera de subida al coro, de los retablos principal y colaterales, del púlpito, del Cristo y tratamiento antixilófagos de elementos muebles.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1994: 5.300.000 ptas.
Plan 1995: 7.000.000 ptas.
Plan 1996: 13.850.000 ptas.
Plan 1999: 1.000.000 ptas.
Plan 2000: 400.000 ptas.
Plan 2001: 11.500.000 ptas.
Plan 2002: 18.750 €