Según los datos que nos suministra Luis Murugarren en su monografía sobre Usurbil, pudo existir una ermita en Aginaga en el siglo XVI. Sin embargo, la que ha llegado hasta nosotros se erigió en torno a 1760, ya que en un documento relativo a un proceso celebrado en la Curia de Pamplona en 1761, se habla de tres capellanías fundadas por el general Francisco de Echeveste "en la nueva basílica de San Francisco de Asís de la Comunidad de Aguinaga".
Al edificarse en la década de los setenta un nuevo complejo parroquial, la antigua iglesia fue abandonada. Su falta de mantenimiento desembocó en la ruina del edificio, al producirse el derrumbamiento prácticamente total de la cubierta hacia el año 1991.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Recuperación del edificio, con la intención de evitar su desaparición y rehabilitarlo en un futuro próximo para usos culturales o museísticos.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1992: 9.500.000 ptas.
Plan 1993: 2.000.000 ptas.
Plan 1994: 1.400.000 ptas.