El primitivo asentamiento del actual municipio de Villabona fue Amasa, donde consta documentalmente la existencia de una iglesia de San Martín en el año 1350.
En 1541 se encomendó al cantero local Miguel de Amasa la reconstrucción o ampliación de la iglesia, comenzando por el ábside o capilla principal. En 1555 aparece como responsable de las obras Antón de Tornalechea y posteriormente continúa los trabajos de cantería Domingo de Alquicechea. En 1562 se concertó con el carpintero maese Domingo de Larrea la ejecución de las cubiertas y en 1569 se encargó la realización de las bóvedas a Domingo de Aransastroqui, que en 1582 se comprometió a construir la sacristía.
Todo parece indicar que por estas fechas la iglesia estaba terminada, ya que en 1593 se contrató a Pedro de Goicoechea la realización de un retablo. Restos de dicho retablo, de estilo renacentista, pueden ser lo que hasta hace poco se guardaban en la sacristía.
En la segunda mitad del siglo XVII se le agregaron a la nave los dos brazos del crucero.
El actual retablo barroco del altar mayor lo realizó a partir de 1767 José Ignacio de Lavi siguiendo la traza de Juan Elías de Inchaurrandiaga.
Este inmueble está declarado Bien Cultural Calificado por Decreto del Gobierno Vasco 14/2000 de 25 de Enero.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Refuerzo de elementos estructurales, renovación total de las cubiertas, trabajos de acondicionamiento interior, refuerzo de bóvedas y restauración del retablo renacentista.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1991: 12.000.000 ptas.
Plan 1992: 5.400.000 ptas.
Plan 1993: 4.000.000 ptas.