La tradición popular que considera a esta ermita como la primitiva parroquia de Zegama y el hecho de conservar un presutno capitel románico, actualmente reconvertido en aguabenditera, incitan a situar el origen de este templo en fechas muy remotas.
Sin embargo, no hay pruebas documentales ni otros indicios estilísticos que corroboren dicha hipótesis, ya que las primeras noticias documentales conocidas datan de finales del siglo XV y su configuración actual responde a obras de reconstrucción encuadrables en la época del barroco.
Según un antiguo documento de fecha 1 de Abril de 1689, copia del cual nos fue suministrada en una de nuestras visitas a la ermita, Juan de Zaldua y Esteban de Larraza fueron requeridos por Pedro de Iturburu para "medir y tantear la obra de cantería y carpintería de dha casa y hermita...", tasando el importe de las obras realizadas en 1876 reales de vellón.
Del contenido del documento que ha llegado a nuestras manos, al que le falta una línea, parece deducirse que, según el testimonio de ancianos del lugar, dichas obras habian sido ejecutadas con la aportación de cien ducados que hizo la serora María de Iturburu al tomar posesión de su cargo.
Revisando documentos del Archivo Diocesano de Pamplona nos hemos encontrado con uno del año 1649 en el que consta el nombramiento de María de Iturburu como serora de esta ermita en sustitucion de Domenja de Berasategui, ya fallecida, y con otro de 1657, según el cual es cesado en sus funciones porque "se había hecho indigna por sus tratos ilícitos con una persona cuyo nombre se oculta..."
Si admitimos que esas obras de cantería y carpintería, medidas y tasadas por dos profesionales expertos de la época, el maestro cantero Juan de Zaldua y el maestro carpintero Esteban de Larraza, se ejecutaron gracias a los cien ducados que aportó María de Iturburu, cantidad que analizada comparativamente con el costo de otras obras similares de esa época, nos sitúa ante una intervención de cierta envergadura, la conclusión a la que llegamos es que la reconstrucción de esta ermita pudo llevarse a cabo a mediados del siglo XVII, cronología que concuerda con las características formales y constructivas, tanto de los muros y vanos exteriores, como de la estructura interior de madera de la cubierta.
Ello no quiere decir que desde esas fechas no se han acometido otras reformas, y más si tenemos en cuenta que desde hace tiempo la ermita de San Bartolomé ejerce las funciones de capilla del cementerio que se construyó en sus inmediaciones, posiblemente en el siglo XIX.
Este inmueble está declarado Bien Cultural Calificado por Decreto del Gobierno Vasco 14/2000 de 25 de Enero.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Impermeabilización de los muros, renovación de la cubierta, acondicionamiento interior y restauración de templete-expositor.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1997: 2.600.000 ptas.
Plan 1998: 2.500.000 ptas.
Plan 2000: 1.000.000 ptas.