Aunque las obras de esta iglesia se iniciaron en 1522, quedaron inconclusas por falta de fondos, no siendo posible la reanudación de las mismas hasta más de un siglo más tarde.
Fue en 1653 cuando, gracias a un legado testamentario del general D. Juan de Irarraga, Señor del solar de Iraeta, se encomendó al cantero Domingo de Sarasti la continuación de dichas obras, siguiendo la traza que dio un nuevo maestro, Lucas de Longa. Intervino en la construcción de la cubierta el maestro carpintero Lázaro de Lizardi. La iglesia debió quedar terminada a finales del siglo XVII, ya que a partir de 1704 aparecen examinando las obras los maestros Lázaro de Laincera y Vega, Domingo de Andonaegui y Martín de Zaldua.
Entre 1735 y 1739 Martín de Sagarzurieta y Domingo de la Torre Múgica realizaron el retablo principal, mientras que los colaterales los construyó a comienzos del siguiente siglo Ignacio Antonio de Alberdi.
En 1777 hubo de hacerse un nuevo muro "para precaver la ruina de la pared de la espalda de la iglesia" bajo la dirección del maestro Ignacio de Echeverría, que por esas fechas dirigía también las obras de Loyola.
El 18 de Enero de 1784 un rayo causó varios destrozos en la torre, derribó la espadaña, descompuso el reloj y la escalera en la sacristía. El maestro cantero Juan de Muguruza arregló esos desperfectos por 1064 reales.
El retablo mayor, de estilo barroco, fue armado entre 1735 y 1739 por Martín de Sagarzurieta y Domingo de la Torre Mugica. Consta de banco, cuerpo central y cascarón, y se divide en tres calles. En el cuerpo central se encuentran las imágenes de Santa Ana, la Virgen, San Ignacio y San Juan Bautista, y en el ático una hornacina que alberga la imagen de San Esteban. Todo el conjunto está dorado y policromado.
Los retablos laterales, neoclásicos, se citan como terminados en 1803, y son obra de Ignacio Antonio de Alberdi. Uno está dedicado a San José y consta de predela, cuerpo central con la imagen del santo y ático. El otro se dedica a la Inmaculada y presenta una imagen de la Inmaculada y Cristo crucificado.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Reparaciones en la cubierta consolidando la estructura de madera. Rehabilitación de la torre. Reordenación del presbiterio. Acondicionamiento interior y restauración de retablos. Tratamiento de muros exteriores.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1998: 2.000.000 ptas.
Plan 1999: 12.000.000 ptas.
Plan 2000: 5.000.000 ptas.
Plan 2002: 123.000 €
Plan 2004: 18.100 €
Plan 2007: 47.800 €