Juan Lopez de Lazarragak Errege Katolikoen Kontadore Nagusia eta Oñatiko herriko leinu gorenetariko batekoa, erabaki zuen Bidaurretako Hirutasun Deunaren Monastegia eraikitzea, bere eta Juana de Ganboa, bere emaztearen hilobia izan zedin, ezinezkoa bait zen berak nahi bezala Oñatiko Kontearen patronatopean zegoen San Miguel elizan ehortzia izatea.
Oñatiko Kontearenak ez ezik, kabildoak eta herriak berak ipinitako oztopoak gainditu ondoren, Fernando Katolikoa eta Doña Juana, bere alabari esker, Monastegia eraikitzeko lanak hasi ziren 1510eko martxoaren 15ean.
Fundatzaileak arau hertsiak ezarri zituen elizaren eraikuntzarako, lanak ondo eginak egoteaz gain soiltasunez eginak izan zitezen.
Absidetik hasi ziren, gero gurutzadura eta hurrena nabea era bere kaperekin egin zituztelarik. Prozesu honen ondorio bezala burualdeko lehiateak eta gurutzadurak ojibalak izango dira, nabekoak erdipuntuko arkuzkoak, hau da, errenazimentu garaikoak diren bitartean.
Fundatzaileen hilobia ebangelioaren aldeko gurutzadurako kaperan dago, "harrizko edo zurezko irudi edo konkorrik gabe", Juan Lopez de Lazarragak berak Burgosen eraiki erazi zuen erretablo plateresko interesgarriaren oinean. Honen konponsaketa, irudien ezaugarri eta abarretarako ere baldintza hertsiak eman
Komentua bera bi oinplanotan antolatzen da, klaustro batez inguratutako patio lauangeluar baten biran.
Elizaren oinplanoa gurutze latinezkoa da, eta abside poligonalekoa. Nabearen bi alboetara albo-kapera sail bat irekitzen da.
Nabearen atal desberdinak, eta orobat gurutzadura eta kaperak,mentsuletan deskantsatzen diren gurutze-ganga sinpleekin estaltzen dira.
Apaindurako elementurik errepikatuena harmarria da, bai gangetako giltzetan eta bai fatxada nagusian agertzen bait da berori.
Estalkia zurezko egiturazkoa du, eta hiru ezpatainaz errematatua dago fatxada nagusian.
Eraikin hau kultur ondasun kalifikatu izendatuta dago, Eusko Jaurlaritzaren 1984ko uztailaren 17ko 265/1984 Dekretuaren bidez eta erretaula nagusia kultur ondasun kalifikatu izendatuta, Eusko Jaurlaritzaren 2000ko abenduaren 19ko 273/2000 Dekretuaren bidez.
SUBENTZIONATUTAKO OBRAK
Eliz estalkiaren zurezko egituraren sendatzea eta teilatuaren berritzea, albo-kapera baten gangaren errestauratzea, konponketa-lanak elizako solairuan, hormen eta sabaien errepaso orokorra, aldare nagusiko erretabloaren errestauratzea eta erretaula platereskoa zaharberritzea.
SUBENTZIOAREN ZENBATEKOA
1983ko Plana: 2.000.000 pta.
1985 eta 1986ko Plana: 28.753.387 pta.
1987ko Plana: 12.500.000 pta.
1995eko Plana: 2.000.000 pta.
1997ko Plana: 10.000.000 pta.
1998ko Plana: 15.000.000 pta.