Luis Murugarrenek, Usurbili buruz egindako azterlan monografikoan. Aginagan XVI. mendean baseliza bat izan zela dio. Gaur ezagutzen dugu hori, ordea, 1760. urtearen inguruan eraikia da, izan ere 1761. urtean Iruñeko Kurian izandako prozesu bati buruzko agiri batean esaten denez Francisko Etxebestek hiru kaperautza sortu zituen "Aginagako San Francisco Asiskoaren basilika berrian".
Hirurogeita hamarrekok hamarkadan parrokia berria eraiki zutenean eliza zaharra abandonaturik geratu zen. Hala, inork zaindu ez eta 1991n teilatua erori ondoren eliza aurri geratu zen.
SUBENTZIONATUTAKO OBRAK
Eraikina berreskuratzea, museorako edo kultur ekintzetarako erabili ahal izateko.
SUBENTZIOAREN ZENBATEKOA
1992ko Plana: 9.500.000 pta.
1993ko Plana: 2.000.000 pta.
1994ko Plana: 1.400.000 pta.