Aunque consta documentalmente la existencia de una iglesia de San Martín en Ataun en el siglo XIV, la actual es el resultado de las obras de reconstrucción y ampliación efectuadas en los siglos XVI y XVII. Su estilo renacentista se manifiesta en su apariencia robusta y en la escasez de huecos.
Esta iglesia presenta la particularidad de disponer de dos ábsides enfrentados, por haberse producido, posiblemente en la primera mitad del siglo XVIII, una inversión en la orientación de la misma, de forma que si el ábside inicial miraba al Este, el que actualmente alberga al presbiterio y el retablo está orientado hacia el Oeste.
La torre fue construida hacia 1730 por el maestro cantero Domingo Bernardo de Abaria. Entre 1750 y 1752, el cantero ataundarra Francisco Ignacio de Auzmendi ejecutó el coro siguiendo la traza e instrucciones que había dado Ignacio de Ibero. La portada neoclásica data de 1833.
Recientemente se ha restaurado el singularísimo órgano barroco.
OBRAS SUBVENCIONADAS
Rehabilitación de la cubierta consolidando la estructura de madera y acondicionamiento interior y restauración del retablo mayor y otros elementos muebles. Limpieza y puesta al día del órgano barroco.
IMPORTE DE LA SUBVENCION
Plan 1998: 5.000.000 ptas.
Plan 1999: 16.000.000 ptas.
Plan 2005: 120.000 €
Plan 2006: 180.000 €
Plan 2007: 430.000 €
Plan 2008: 5.000 €